设立中国科学院科学奖金的动议，源于１９５４年。这年６月１２日，中国科学院成立了以副院长竺可桢为主席的中国科学院科学奖励条例起草委员会，负责《中国科学院科学奖金暂行条例》的起草。起草委员会经过一年时间的努力，拿出了条例的草案，报送国务院审批。
１９５５年８月５日，国务院第十七次全体会议听取了竺可桢关于科学奖金条例的说明，并批准了这个暂行条例。８月３１日，国务院总理周恩来签发国务院令，正式发布《中国科学院科学奖金暂行条例》。
《条例》规定：凡中华人民共和国公民的科学研究工作或科学着作，在学术上有重大成就，或对国民经济、文化发展具有重大意义，不论属于个人或集体的，均可按照本条例的规定授予中国科学院科学奖金。中国科学院科学奖金分为三等：一等奖奖金一万元，并授予荣誉证书及金质奖章；二等奖奖金五千元，授予荣誉证书及银质金边奖章；三等奖奖金两千元，授予荣誉证书及银质奖章。
《暂行条例》正式公布后，中国科学院立即启动了科学奖金的评审工作。９月２２日，中国科学院举行院务常务会议，通过了《中国科学院奖金委员会暂行组织规程》及中国科学院奖金委员会组成人员。
委员会由郭沫若任主任委员；副主任委员是李四光、梁希、黄松龄，另有３５名委员。该委员会的任务是对中国科学院６学部评选、通过的科学研究工作报告或科学着作，作统一的审核，提请中国科学院院务委员会讨论通过后授奖。
从１９５５年１０月１日起，至１９５６年３月１日止，中国科学院各学部先后收到各方面推荐的自然科学研究论着共４１９件。经过中国科学院科学奖金委员会、各学部委员以及有关的数百位专家严肃认真的评审，并经中国科学院院务常务会议批准，共评出一等奖３项，二等奖５项，三等奖２６项。
１９５７年１月２４日，中国科学院院长郭沫若公布了全部获奖者及其成果的名单。
为了激励广大科技工作者的积极性和创造性，促进中国科学事业的发展，１９５６年中国科学院组织了重大科研成果的评审与奖励。虽然这次奖励是由中国科学院组织的，但它面向的是全国的科学工作者。因此，这是新中国第一次全国性的科学奖。
