清道光二十一年(公元1841年)，五十岁的龚自珍在丹阳书院任讲不足一月，突然暴疾而逝。
他的死引起外间种种议论，多说是被人烧死。但究系何人所为?说法便不一样。有的说是因太清事，被明善堂主人鸩死。有的则说是被歌妓灵肖将药置酒中毒死。这些说法虽无确切证据，然而人们常说“无风不起浪”，却也是个“查无实据，事出有因”之事。说来无非是些风流韵事而已！
当时荣恪郡王鞣亿之子名奕，号太素，被封为贝勒。着有明善堂集，故被人称为明善堂主人。贝勒性爱才，座客常满。在他管理宗人府时，龚自珍系道光九年进士，授内阁中书，后升为宗人府主事，充玉牒馆纂修官。被人称为“以奇才名天下者”，又称“一代文字之雄”。贝勒爱其才，尊为上宾，是以得出入府第。
贝勒侧福晋太清，才色双绝，贝勒元配妙华夫人殁后，即被宠为专房。太清美貌绝伦，喜着白衣，尝与贝勒雪中并辔游西山，作内家妆束。披红斗蓬，于马上拨铁琵琶，手自如玉，见者无不称是王嫱重生。又因贝勒曾作词，名为《西山樵唱》，而太清所作之词名为《东海渔歌》，二人原系一对，便有好事者将他们二首词名取来，缀成对联，成为佳话。
龚自珍因经常出入贝勒府第，人又生性不羁，遂与太清通殷勤，时相唱和。龚杂诗中有句云：“一骑传笺朱邸晚，临风递与缟衣人”。太清慕其才，颇有暖昧之事。后人谓龚自珍集中游仙诸诗及词中“桂殿秋，忆瑶姬，梦玉人引诸阕”，实皆为此事而发。龚自珍又有集外诗一首，诗云：“未定公刘马，先宰郑伯羊。海棠鸩未已，狮子吼何狂。杨叛卖天曲，蓝桥昨夜霜。微云搀一抹，佳婿忆秦郎。”情辞倘恍。
这些事后被明善堂主人所觉，怒形于色。龚自珍得知消息，急引疾辞官归里。明善堂主人并未放过．，暗地遣人将他鸩死。这是传说的他的死因之一。
龚自珍与歌妓灵肖之事亦是一种议论。后来诗人柳亚子有记述龚自珍与灵肖事的诗云：“三百年来第一流，飞仙剑侠在天俦，只恐辜负灵肖意，北驾南舣到白头。”道光十九年，龚自珍辞官南归。农历五月十二日抵达清江浦(今淮阴市)时，结识歌妓灵肖。灵肖本是扬州良家少女，因家遭巨创，被迫为娼。为避开仇家才移居清江浦。龚自珍与灵肖一见钟情，互诉倾慕，遂使龚自珍少时舞剑吹箫的狂侠之气，怨抑之心复活了。他以“箫”字为韵直抒胸臆，“青史他年烦点染，定庵四纪(一纪指十二年)遇灵肖”。在二人分手时，龚自珍又道：“今日不挥阔弟泪，渡江只怨别峨眉。”表示了他的眷恋之情。
龚自珍回到家乡，既未能旌展宏愿，又疏于侍奉家亲，颇多感慨，想到灵肖鄙视官场，同情隐逸之物，深为欣慰。故而，当他在昆山筑成“羽磷山馆”，便思念灵肖。“何以功成文致之，携箫飞上羽磷阁”‘遂又回到他梦魂萦系的清江浦。
一见龚自珍，灵肖便迫不及待地请龚自珍为自己赎身。龚自珍担心灵肖受不住清静，没有答应。这时，灵肖捧出石榴。经霜擘裂的石榴仿佛也蕴满相思和哀愁。龚自珍为不能携带灵肖伤感不已。灵肖怕龚自珍消磨志气，梳妆时故意卷起珠帘，远眺黄河，鼓励他击
楫中流。龚自珍很受感动，发誓要做一番事业报答这位“红颜知已”。
然而，灵肖毕竟是青楼女子，经常与达官贵人周旋，以致龚自珍很不高兴。加上龚自珍又有嗜赌积习，灵肖时常规劝。他虽不为忤，但双方感情终于产生分歧。
后来，龚自珍不辞而别，刚到三十里外的渔沟，又有些后悔，就修书灵肖，请求重归旧好。然而，杳无回音，只得怅然离去。
再后来，龚自珍便在丹阳书院暴病而逝。灵肖自龚自珍走后，也含泪回到苏州，闭门谢客，孤独地渡过一生。
大约由于这些事，有人就说龚自珍晚年眷恋灵肖，而灵肖别有所欢，有一次，龚自珍在灵肖那里发现，便要她与之袂绝，灵肖阳为允诺，而与那人往来踪迹愈密。半年后，龚自珍又遇那人从灵肖家中出来，便怀鸩以往，告诉灵肖，那人倘若再来即以此药药之。药方出于禁中，服之不即死。死后亦无伤痕可验。灵肖受药，即暗置酒中送与龚自珍，龚饮之，归后即感不快，数日遽卒，便是这段公案。
然而，清朝野史大观则说龚是暴疾而终，不相信上面的说法。
